ตลอดช่วงระยะเวลาราว 1 ทศวรรษ ในสมัย ร. 5 สยาม และอังกฤษได้เปิดการเจรจากันหลายครั้ง จนในที่สุดทั้งสองฝ่ายได้บรรลุข้อตกลงร่วมกันในประเด็นสำคัญคือ สยามยอมยกสิทธิการปกครองเปอร์ลิส ไทรบุรีหรือเคดะห์ กลันตัน และตรังกานู รวมทั้งเกาะใกล้เคียงให้แก่อังกฤษ ขณะที่อังกฤษเองยอมรับรองชดใช้หนี้สินที่รัฐเหล่านี้เคยมีต่อสยาม อังกฤษยังยอมยกเลิกสิทธิสภาพนอกอาณาเขตและอำนาจศาลกงสุลในสยาม นอกจากนี้ยังยอมยกเลิกสัญญาลับที่สยามเคยทำกับอังกฤษไว้เมื่อปี พ.ศ. 2440 รวมไปถึงอังกฤษยินยอมให้เงินกู้กว่า 4 ล้าน 6 แสนปอนด์แก่สยามเพื่อใช้ก่อสร้างเส้นทางรถไฟสายใต้ ข้อตกลงเหล่านี้นำมาสู่การลงนามในสนธิสัญญาระหว่างสยาม - อังกฤษ ที่เรียกว่า "สัญญากรุงเทพ" เมื่อวันที่ 10 มีนาคม ค.ศ. 1909 ตรงกับ พ.ศ. 2452 เป็นจุดเริ่มต้นของการกำหนดขอบเขต หรือเส้นเขตแดนระหว่างรัฐขึ้น ซึ่งเริ่มทำการสำรวจและปักปันเขตแดนระหว่างสยาม กับดินแดนอาณานิคมอังกฤษในปีถัดมา และได้กลายเป็นเส้นเขตแดนระหว่างไทยและมาเลเซียที่สืบสิทธิหลังได้รับเอกราชจากอังกฤษในปี พ.ศ.2500 นับจากสนธิสัญญาปักปันเขตแดนระหว่างสยามกับอังกฤษ ทั้งไทยและมาเลเซียต่างพยายามทุกวิถีทางที่จะช่วยกันแก้ไขปัญหาต่าง ๆ ให้ลุล่วงมาด้วยดี จนปัจจุบันตลอดแนวชายแดนระหว่างสองประเทศได้เกิดความร่วมมือที่ดีต่อกันมากมายในหลายด้าน เส้นเขตแดนระหว่างไทยและมาเลเซียจึงนับเป็นเส้นเขตแดนที่สมบูรณ์ที่สุดใน 4 ด้าน ระหว่างไทยกับประเทศเพื่อนบ้าน เพราะมันไม่ใช่อุปสรรคขวางกั้นความสัมพันธ์ที่ทั้งสองรัฐพึงมีต่อกัน แต่กลับก่อให้เกิดความสัมพันธ์ในลักษณะข้ามพรมแดน ทั้งด้านเศรษฐกิจ สังคม และความมั่นคงมาตลอดระยะเวลาอันยาวนานกว่า 1 ศตวรรษ จริง ๆ แล้วการแก้ปัญหาพรมแดนเป็นเรื่องของการใช้กฎหมายและความรู้ทางเทคนิค ซึ่งไม่ใช่เรื่องง่าย แต่ที่ยากกว่า คือการก้าวให้ข้ามพรมแดนทางความคิดและอคติที่ดูเหมือนว่าทั้งไทย มาเลเซีย ฉลาดพอที่จะเรียนรู้ว่า พวกเขาจะค่อย ๆ เดินจับมือกันเพื่อก้าวให้ข้ามเส้นพรมแดนที่ถูกคนอื่นสมมุติให้เหล่านี้ไปด้วยกันได้อย่างไร